Poiche' il dottor Kelso ha deciso di andare in pensione, il dottor Cox diventa il nuovo primario, e ovviamente e sommerso da mille problemi. La figlia di Cox, Jennifer e' costretta ad una operazione allo shunt cardiaco quindi Perry non puo' dedicarsi ad altro. JD ed Elliot fanno uno scherzo ad un fast-food e l'impiegato viene rapito. Intanto Ted capisce che deve cominciare a ragionare con la propria testa.L'inserviente decide di spostare nell'ex ufficio di Kelso la sede del suo "Club dei cervelloni", ma il nuovo Ted con una insurrezione forma i Cervelloni Bollenti, comincia cosi' una lite tra i due gruppi. JD assiste allo scontro, e parlando con Sammy si chiede cosa succederebbe se Ted e l'inserviente avessero un loro figlio, quindi nella propria testa crea una sit-com. Turk oltre a non avere un testicolo rischia di perdere anche l'altro a causa di una bottiglia di champagne. Carla preoccupata che Turk possa rimanere senza testicoli decide di avere un figlio, ma Turk non e' della stessa idea.
