E' l'ultimo giorno di tirocinio, tutti sono molto eccitati anche se c'è tensione nell'aria… Carla e Turk discutono sull'eventualità di frequentare altre persone; Elliot è stanca di sentirsi calpestata da tutti e J.D. non vuole più essere d'intralcio a nessuno. Un nuovo paziente, il sig. Bober, viene ricoverato, ma non avendo l'assicurazione non può essere sottoposto all'operazione chirurgica di cui necessita. Grazie all'intervento del Dr. Cox, del Dr. Wen e di Jordan l'intervento viene accordato. Provocata dall'ex marito, Jordan decide di rivelare a tutti i piccoli e grandi segreti che esistono tra loro. Carla così scopre che il Dr. Cox è innamorato di lei e che Turk ne è al corrente da sempre; il Dr. Cox viene a sapere che il lavoro offertogli dal Dr. Kelso in realtà non esiste; J.D. scopre che Elliot nutre ancora dei sentimenti per lui e, per finire, la vera bomba: Jordan confessa che lei e J.D. hanno dormito insieme. Feriti, confusi e arrabbiati, ognuno se ne va per la sua strada.
